WinSCP (Windows)
Протокол SFTP, хост = IP сервера, порт 22, логин root, пароль из карточки. Перетаскивайте файлы между панелями.
FileZilla (все системы)
Сайт-менеджер → Новый сайт → протокол SFTP, хост IP, логин root.
Командная строка
Скопировать файл на сервер:
scp backup.tar.gz root@IP_СЕРВЕРА:/root/
Скачать папку с сервера:
scp -r root@IP_СЕРВЕРА:/var/www/site ./site
Для больших объёмов удобнее rsync -avz --progress источник назначение — он докачивает при обрыве.